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🛡️ Microbiologie Clinique · IA AMR

AMR-AI

Agent IA clinique (Claude) pour la résistance aux antibiotiques — analyse votre antibiogramme ou votre question clinique et propose une recommandation thérapeutique en moins de 5 secondes, grounded sur les tables réelles de résistance intrinsèque EUCAST.

< 5s
Recommandation
EUCAST
Résist. intrinsèque réelle
6
Pathogènes ESKAPE
RGPD
Conforme
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medflow-ai.fr/amr-ai/
🛡️ AMR-AI · Exemple de session (illustratif)
EN LIGNE claude-sonnet-5
2
🔴 Résistants
1
🟡 Intermédiaire
2
🟢 Sensibles
5
Souches analysées
🧫 Antibiogramme 🔬 Gènes résistance 💊 Thérapeutique 📄 Rapport
Prédiction EUCAST 2024 — Résistance aux β-lactamines / Carbapénèmes
E. coli
blaCTX-M-15 · ESBL
>256 🔴 R
K. pneumo.
blaKPC-3 · Carbapénémase
>128 🔴 R
P. aerug.
mexAB-oprM · Efflux pump
8 🟡 I
S. aureus
mecA– · MSSA
0.25 🟢 S
E. faecium
vanA– · Non-VRE
1 🟢 S
💊
Recommandation thérapeutique — claude-sonnet-5
Ceftazidime-avibactam 2g/0.5g IV q8h
KPC-3 sensible · Durée ≥ 7 jours · Surveillance rénale
URGENCE
🔴 KPC-3 détecté sur K. pneumoniae — Carbapénèmes contre-indiqués · Signalement CCLIN obligatoire · Isolement contact
Fonctionnement
Comment ça marche ?
3 étapes, de la question clinique à la recommandation thérapeutique.
📝
01
Saisie clinique
Décrivez le cas en texte libre : pathogène identifié, résultats d'antibiogramme phénotypique (S/I/R), site infectieux, contexte patient (allergies, fonction rénale, réanimation...).
Texte libreAntibiogramme S/I/R
🧬
02
Vérification résistance intrinsèque
L'agent consulte une table réelle et vérifiable de résistances intrinsèques (EUCAST Expert Rules) pour les pathogènes ESKAPE avant de raisonner — pas une réponse générée de mémoire seule.
EUCAST Expert RulesDonnées réelles
💊
03
Recommandation IA + Rapport
Claude génère une recommandation thérapeutique structurée (antibiotique, dose, durée) et un rapport PDF clinique, en rappelant que la décision finale revient au clinicien sur la base de l'antibiogramme réel du patient.
ClaudePDF clinique
Comment ça fonctionne
Agent IA + données de résistance réelles
L'agent raisonne sur les mécanismes de résistance classiques et vérifie les résistances intrinsèques connues avant de proposer une recommandation.
Mécanismes de résistance couverts (connaissance clinique de référence)
MécanismeGènes représentatifsAntibiotiques concernés
🔴 β-lactamases ESBLblaCTX-M, blaSHV, blaTEM · plasmidiquesPénicillines, C3G, C4G — Carbapénèmes actifs si pas de coproduction
🔴 CarbapénémasesblaKPC, blaNDM, blaVIM, blaOXA-48Tous β-lactamines — Ceftaz-avibactam (KPC), Aztreonam-avibactam (NDM)
🔴 MRSAmecA, mecC · PBP2aToutes β-lactamines — Vancomycine, Linézolide, Daptomycine
🟡 Pompes effluxmexAB-oprM, mexCD, mexXY (P. aerug.)Intermédiaire quinolones/aminosides — évaluation CMI individuelle
🟢 Pas de résistanceAucun gène de résistance acquis détectéAntibiothérapie standard selon antibiogramme phénotypique
🧬 Résistances intrinsèques — EUCAST Expert Rules (réel)
Source : EUCAST Intrinsic Resistance
and Exceptional Phenotypes
Couverture : 6 pathogènes ESKAPE
Output : statut + mécanisme cité
Table vérifiable consultée par l'agent avant de juger qu'un antibiotique est probablement inefficace
Distingue explicitement résistance intrinsèque (attendue) et résistance acquise (à confirmer par antibiogramme)
Contenu stable, à revérifier périodiquement contre la version EUCAST en vigueur
💊 Recommandation thérapeutique — Claude
Input : profil résistance + espèce + site
Réf : SPILF · IDSA · ESCMID
Output : antibiotique · dose · durée · voie
Rappel : décision finale = clinicien
Raisonnement en langage naturel à partir du cas clinique décrit par l'utilisateur
Prend en compte allergies, fonction rénale et contexte (réanimation, immunodépression...) si renseignés
Ne remplace pas l'antibiogramme réel du patient ni l'avis d'un infectiologue
Les 5 outils (tool functions) de l'agent Claude — statut de chacun
OutilStatutCe qu'il fait
✅ Réel check_intrinsic_resistance Interroge la table EUCAST Expert Rules — seul outil dont la sortie est une donnée vérifiable indépendamment de l'agent.
🔶 Démo synthétique search_trials Recherche dans le registre d'études simulées (pipeline de méta-analyse en cours de validation, pas des essais réels).
🔶 Démo synthétique score_molecule Calcule le score d'exception d'une molécule de la bibliothèque simulée (identifiants fictifs, pas des composés testés).
🔶 Démo synthétique get_resistance_profile Profil ESKAPE : gènes/mécanismes = connaissance générale correcte, mais mortalité/cas annuels/stratégies associées ne sont pas sourcés individuellement — à ne pas citer comme statistique validée.
🔶 Démo synthétique compare_compounds Classe les molécules simulées par score d'exception pour un pathogène donné.
⚠ Module Méta-Analyse (onglet dans l'outil) : un module séparé illustre notre pipeline de méta-analyse statistique (DerSimonian-Laird) et de scoring de molécules sur un registre synthétique de démonstration — ce ne sont pas des essais cliniques réels ni des molécules testées en laboratoire. Il ne doit pas être utilisé comme preuve clinique.
Couverture
Bactéries et résistances couvertes
🔴
Entérobactéries ESBL
E. coli · K. pneumoniae · E. cloacae · CTX-M · SHV · TEM
⚫
Carbapénémase (EPC)
KPC · NDM · VIM · IMP · OXA-48 · Ceftaz-avibactam · Aztréonam
🟡
MRSA / SARM
mecA · mecC · PBP2a · Vancomycine · Linézolide · Daptomycine
🟠
Entérocoques VRE
vanA · vanB · E. faecalis · E. faecium · Teicoplanine · Linézolide
🔵
P. aeruginosa MDR
Efflux mexAB · OprD perte · AmpC · Ceftolozane-tazobactam
🟤
Acinetobacter MDR
OXA-23/24/58 · NDM · Colistine · Cefiderocol · Sulbactam
🟢
Tuberculose (M. tb)
rpoB (rifampicine) · katG (INH) · gyrA (FQ) · XDR-TB
🔷
Staphylococcus VISA
walKR mutations · Tolérance vancomycine · hVISA phénotype
🌡️
Hémocultures urgentes
Mode urgence < 5s · Rapport abrégé · Alerte directe prescripteur
Avantages cliniques
Pourquoi AMR-AI ?
⚡
Réponse rapide en langage naturel
Recommandation structurée en < 5 secondes à partir d'une description clinique en texte libre — pas besoin de format ou fichier spécifique.
🛡️
Grounded sur des données réelles
Vérifie les résistances intrinsèques EUCAST avant de répondre, au lieu de générer une réponse uniquement à partir de la mémoire du modèle.
📋
Références cliniques citées
Recommandations formulées en cohérence avec les référentiels SPILF/IDSA/ESCMID — à confirmer par le clinicien selon l'antibiogramme réel du patient.
🔒
RGPD par conception
Aucune donnée patient stockée — analyses chiffrées, transmises à l'API Anthropic et effacées immédiatement après génération du rapport.
Base scientifique
Références clés
[1]
EUCAST — Intrinsic Resistance and Exceptional Phenotypes, Expert Rules. — European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Table des résistances intrinsèques réellement consultée par l'agent AMR-AI avant recommandation.
[2]
EUCAST Clinical Breakpoints. — European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Référentiel des seuils S/I/R cité par l'agent lors de l'interprétation d'un antibiogramme.
[3]
Tacconelli E et al. — Discovery, research, and development of new antibiotics: the WHO priority list of antibiotic-resistant bacteria. Lancet Infect Dis, 2018. Contexte de priorisation des pathogènes ESKAPE couverts par AMR-AI.
[4]
Cassini A et al. — Attributable deaths and DALYs caused by infections with antibiotic-resistant bacteria in the EU, 2015. Lancet Infect Dis, 2019. Contexte épidémiologique de l'AMR en Europe.
[5]
SPILF — Recommandations de bon usage des antibiotiques en établissements de santé. — Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française. Référentiel cité par l'agent pour les recommandations thérapeutiques ; à vérifier contre la version en vigueur.

Le module "Méta-Analyse" et le scanner de "molécules d'exception" présents dans l'outil s'appuient sur un registre synthétique de démonstration du pipeline statistique — ce ne sont pas des études publiées ; voir l'avertissement dans l'outil.

Antibiogramme prédictif en 5 secondes

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Conformité RGPD & Sécurité des données

Zéro stockage. Aucune donnée patient n'est conservée par MedFlow AI. Les analyses sont transmises chiffrées (HTTPS/TLS 1.3) à l'API Anthropic et effacées immédiatement après génération du rapport.
Bonnes pratiques : ne saisissez jamais de nom, prénom, numéro de sécurité sociale ou identifiant direct. Utilisez des pseudonymes ou des initiales.
Base légale : traitement nécessaire à l'aide à la décision médicale — Art. 9(2)(h) RGPD. Conforme au Règlement UE 2016/679.

Outil d’aide à la décision. MedFlow AI ne pose pas de diagnostic et ne remplace pas le jugement d’un professionnel de santé. Les résultats doivent être validés par un praticien.

Développé par Dr. Mamadou Lamine Tall, PhD en bio-informatique & data science. Google Scholar · CV complet. Contenu revu en septembre 2026.

À propos de MedFlow AI · Sécurité des données & RGPD · IA & bilan biologique