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Mamadou Lamine TALL

PhD Bioinformatique & Data Science · IA Appliquée à la Recherche Biomédicale
📍 Castelnau-le-Lez, France ✉️ [email protected] 📞 07 81 19 85 42
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28
Publications indexées
7
Premier auteur
2020
Doctorat AMU
7
Ans d'expérience
💼
Expérience professionnelle
Fondateur — MedFlow AI
2026 – Présent
MedFlow AI · medflow-ai.fr
  • Conception et développement d'une plateforme d'IA d'aide à la décision clinique (oncologie, microbiote, résistance aux antimicrobiens)
  • Développement d'un dispositif médical connecté (biocapteur) pour le suivi thérapeutique de patients transplantés
  • Direction de produit et R&D : valorisation de la recherche académique vers des outils cliniques déployés
Enseignant — Sciences Numériques & Technologie, Informatique
09/2024 – Présent
École internationale Eridan · Montpellier
  • SNT (2nde) : programmation, culture numérique, sécurité et éthique des données
  • SNI (1ère) : Python, algorithmique, réseaux, cybersécurité, Machine Learning
  • Technologie (6e-3e) : robotique, Arduino/Scratch, systèmes automatisés
Bioinformaticien de recherche Niveau 4 / Data Manager
Postdoctoral08/2023 – 08/2024
CHU Sainte-Justine · Université de Montréal (Canada)
  • Détection, filtrage et annotation de CNV (génotypage ~800 000 individus, séquençage ~150 000 individus)
  • Évaluation de modèles de Machine Learning (protocole DigCNV)
  • Encadrement de bioinformaticiens et d'étudiants (Dr Sébastien Jacquemont)
Ingénieur bioinformatique / Chef de projet biostatistique
Postdoctoral01/2021 – 06/2022
Université Côte d'Azur, UFR Médecine (DERMG) · Nice
  • Modèles statistiques et outil d'aide à la décision (Machine Learning, TADA) sur la base PRIMEGE PACA (600 000+ consultations, 17 médecins généralistes)
  • Calcul de nombre de sujets, contrôle qualité, conception de plans d'analyse
Doctorant contractuel — Bioinformatique & Génomique
10/2017 – 12/2020
IHU Méditerranée Infection · Aix-Marseille Université
  • Transfert horizontal de gènes et mosaïcité des génomes microbiens ; culturomics et description de nouvelles espèces
  • Développement d'outils bioinformatiques (Python, R, Perl) — assemblage, annotation, phylogénie
Enseignant Mathématiques & SVT
01–07/2016
Collège Machala · Dakar, Sénégal
Stages cliniques & hospitaliers
2015 – 2016
CHU Fann · Dakar, Sénégal — IRM ; gestion de bases de données médicales
🎓
Formation
2020
Doctorat, Génomique & Bioinformatique
Aix-Marseille Université · soutenue 27/11/2020 · dir. Pr Anthony Levasseur, IHU Méditerranée Infection
2019
CESU Biostatistique & Méthodologie de la Recherche
Faculté de Médecine · Aix-Marseille Université
2017
Master, Bioinformatique - Biomathématiques
Université Cheikh Anta Diop · Dakar
2014
Licence, Biologie, Chimie & Géosciences
Université Cheikh Anta Diop · Dakar
2010
Baccalauréat scientifique, série S2
Lycée Moderne de Rufisque · Sénégal
⚙️
Compétences
Python R Perl Bash SQL GATK Samtools Bowtie2 BLAST Snakemake Nextflow Machine Learning Git/GitLab
Français
Langue maternelle
Anglais
Professionnel
📄
Publications — 28 indexées (PubMed / Web of Science), dont 7 en premier auteur
Premier auteur
Tall ML, Lo CI, Kuete Yimagou E, Fontanini A, Delerce J, Fournier PE, Raoult D, et al. Genome sequence and description of Urinicoccus timonensis gen. nov., sp. nov. New Microbes New Infect. 2020;37:100720.
Tall ML, Lo CI, Kuete Yimagou E, Ndongo S, Pham TPT, Raoult D, Fournier PE, et al. Description of Clostridium cagae sp. nov., Clostridium rectalis sp. nov. and Hathewaya massiliensis sp. nov. New Microbes New Infect. 2020;37:100719.
Tall ML, Pham TPT, Bellali S, Ngom II, Delerce J, Lo CI, Raoult D, et al. Anaerococcus marasmi sp. nov. New Microbes New Infect. 2020;35:100655.
Tall ML, Ndongo S, Ngom II, Delerce J, Levasseur A, Raoult D, et al. Massilistercora timonensis gen. nov., sp. nov. New Microbes New Infect. 2020;35:100664.
Tall ML, Ndongo S, Ngom II, Levasseur A, et al. Massilimicrobiota timonensis gen. nov., sp. nov. New Microbes New Infect. 2019;31:100574.
Tall ML, Lacroix-Hugues V, Daeden J, Darmon D. Implementation of a new approach of decision-support tools for the hospitalization of patients to GPs. Rev Epidemiol Sante Publique. 2021. doi:10.1016/j.respe.2021.04.088.
Tall ML, Mbogning Fonkou MD, Kuete Yimagou E, Raoult D, Levasseur A. Detection of horizontal sequence transfer in microorganisms in the genomic era. bioRxiv 2022.12.21.521446 [preprint].
Coauteur
Mangombi JB, N'Dilimabaka N, Medkour H, Banga OL, Tall ML, et al. Bartonella gabonensis sp. nov. New Microbes New Infect. 2020;38:100796.
Dao TL, Levasseur A, Tall ML, Hoang VT, Colson P, et al. Epidemiology and genomic characterisation of travel-associated and locally-acquired influenza, Marseille, France. Travel Med Infect Dis. 2022;45:102236.
Diallo MA, L'Ollivier C, Diongue K, Badiane AS, Kodio A, Tall ML, et al. Spatiotemporal Dynamic of the RTS,S/AS01 Malaria Vaccine Target Antigens in Senegal. Am J Trop Med Hyg. 2021;105(6):1738-1746.
Morand A, Tall ML, Kuete Yimagou E, Ngom II, Lo CI, et al. Anaerococcus urinimassiliensis sp. nov. Sci Rep. 2021;11(1):2684.
Lo CI, Niang EHA, Sarr M, Durand G, Tall ML, et al. Fenollaria timonensis sp. nov. Curr Microbiol. 2020;77(11):3780-3786.
Diakite A, Dubourg G, Dione N, Afouda P, Bellali S, Ngom II, Valles C, Tall ML, et al. Optimization and standardization of the culturomics technique for human microbiome exploration. Sci Rep. 2020;10(1):9674.
Medkour H, Amona I, Akiana J, Davoust B, Bitam I, Levasseur A, Tall ML, et al. Adenovirus Infections in African Humans and Wild Non-Human Primates: Great Diversity and Cross-Species Transmission. Viruses. 2020;12(6):657.
Amona I, Medkour H, Akiana J, Davoust B, Tall ML, et al. Enteroviruses from Humans and Great Apes in the Republic of Congo: Recombination within Enterovirus C Serotypes. Microorganisms. 2020;8(11):1779.
Togo AH, Diop A, Tall ML, Million M, Khelaifia S, et al. Draft genome and description of Negativicoccus massiliensis strain Marseille-P2082. Antonie Van Leeuwenhoek. 2020;113(7):997-1008.
Traore SI, Bilen M, Beye M, Diop A, Mbogning Fonkou MD, Tall ML, et al. Noncontiguous finished genome sequence and description of Raoultibacter massiliensis gen. nov., sp. nov. and Raoultibacter timonensis sp. nov. Microbiologyopen. 2019;8(6):e00758.
Yimagou EK, Mekhalif F, Tall ML, Baudoin JP, Raoult D, Khalil JYB. Prevotella marseillensis sp. nov. New Microbes New Infect. 2019;32:100606.
Yimagou EK, Tall ML, Baudoin JP, Raoult D, Khalil JYB. Clostridium transplantifaecale sp. nov. New Microbes New Infect. 2019;32:100598.
Yimagou EK, Dione N, Ngom II, Tall ML, Baudoin JP, et al. Parabacteroides bouchesdurhonensis sp. nov. New Microbes New Infect. 2020;34:100639.
Ndongo S, Tall ML, Ngom II, Delerce J, Levasseur A, Raoult D, et al. Olsenella timonensis sp. nov. New Microbes New Infect. 2019;32:100610.
Ndongo S, Tall ML, Ngom II, Khelaifia S. Massilicoli timonensis sp. nov. New Microbes New Infect. 2019;32:100592.
Ndongo S, Tall ML, Ngom II, Khelaifia S. Genome sequence and description of Bacteroides bouchesdurhonensis sp. nov. New Microbes New Infect. 2019;31:100571.
Sarr M, Tall ML, Ben Khedher M, Pham TPT, Mbaye B, et al. Konateibacter massiliensis gen. nov. sp. nov. and Paenibacillus faecalis sp. nov.
Ouarti B, Righi S, Tall ML, Benakhla A. Survey of ruminant infestation by lice in north-east Algeria. 2020.
Kodio A, Coulibaly D, Doumbo S, Konate S, Kone AK, Tall ML, et al. Gut Microbiota Influences Plasmodium Falciparum Malaria Susceptibility. Preprints 2021, 2021050710.
Kodio A, Menu E, Doumbo S, Coulibaly D, Kone AK, Konate S, Tall ML, et al. Impact of Eukaryotic Enteric Pathogens on Malian Children's Gut Mycobiota. Preprints 2020, 2020090584.
Hasni I, Tall ML, Le Baillif M, et al., Drancourt M. Resuscitating Sleeping Beauties: reviving a six-hundred-year-old amoeba and endosymbiont. bioRxiv 2023.09.22.558946 [preprint].
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