EUCAST vs CLSI : comprendre les seuils de résistance aux antibiotiques

Un même antibiogramme, avec la même valeur de CMI (concentration minimale inhibitrice), peut être classé "sensible" dans un laboratoire et "résistant" dans un autre — simplement parce qu'ils n'utilisent pas le même référentiel. Ce n'est pas une erreur de manipulation. C'est la conséquence directe de deux systèmes de seuils qui coexistent dans le monde : EUCAST et CLSI.

Deux comités, deux continents, deux philosophies

CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute) est l'organisme américain historique en matière de standards de laboratoire clinique. Ses seuils de sensibilité aux antibiotiques ont longtemps été la référence de facto dans une grande partie du monde, y compris en dehors des États-Unis.

EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) a été créé pour harmoniser les pratiques au sein de l'Europe, avec l'objectif explicite de fonder les seuils sur des bases pharmacocinétiques/pharmacodynamiques (PK/PD) et sur la distribution des CMI observées dans les populations bactériennes (les "epidemiological cutoff values", ECOFF). C'est aujourd'hui le référentiel utilisé par la quasi-totalité des laboratoires européens, dont ceux de France.

Les deux organismes republient leurs tables de seuils critiques régulièrement (annuellement pour EUCAST), et il arrive qu'un même couple bactérie/antibiotique voie son seuil évoluer d'une version à l'autre — c'est pour cela qu'il faut toujours travailler avec la version en vigueur, jamais une table mémorisée ou ancienne.

Ce qui change concrètement

• Les catégories elles-mêmes ont évolué différemment. EUCAST a redéfini en 2019 la catégorie intermédiaire : ce qui s'appelait "I" pour "intermédiaire" est devenu "I" pour "sensible, exposition accrue" (susceptible, increased exposure) — un changement conceptuel, pas juste terminologique : cela signifie que l'antibiotique reste efficace à condition d'augmenter la dose ou l'exposition (posologie, voie d'administration), et non plus une simple zone grise d'incertitude.
• Les valeurs de seuils critiques (S/I/R) peuvent différer pour un même couple bactérie-molécule, parfois de façon significative selon l'antibiotique et l'espèce.
• Le périmètre couvert diffère : certaines molécules ou associations disposent de seuils dans un référentiel mais pas (encore) dans l'autre.

Ce que ça implique pour la lecture d'un antibiogramme

En pratique clinique, la question à se poser n'est pas "quel est le meilleur référentiel" — les deux sont rigoureusement construits et régulièrement mis à jour par des comités d'experts — mais plutôt :

• Quel référentiel utilise le laboratoire qui a produit cet antibiogramme ?
• Est-ce cohérent avec le référentiel utilisé dans les recommandations thérapeutiques que je consulte ?
• La version du référentiel est-elle à jour, ou s'agit-il d'une table plus ancienne ?

En France et dans la majorité de l'Europe, EUCAST est la référence attendue. Mais des publications internationales, des logiciels ou des bases de données peuvent s'appuyer sur CLSI — d'où l'intérêt de toujours vérifier la source avant de comparer deux résultats.

Où trouver les seuils à jour

Les tables de seuils critiques officielles sont publiées directement par les comités concernés — EUCAST Clinical Breakpoint Tables pour l'Europe, et les documents M100 du CLSI pour les États-Unis. Ce sont les seules sources à utiliser pour une valeur de seuil précise ; cet article décrit la logique générale, pas une table de seuils à appliquer telle quelle.

Cet article a un objectif pédagogique et méthodologique. Il ne remplace pas les tables de seuils officielles en vigueur ni l'avis d'un microbiologiste ou infectiologue. Toute décision thérapeutique doit s'appuyer sur l'antibiogramme réel du patient et les recommandations à jour.

Pour aller plus loin : L’IA pour l’analyse d’un bilan biologique.